Comprehensive analysis of chromothripsis in 2,658 human cancers using whole-genome sequencing
Cortés-Ciriano, I., Lee, J. J-K., Xi, R. , Jain, D., Jung, Y. L., Yang, L., Gordenin, D., Klimczak, L. J., Zhang, C-Z., Pellman, D. S., Akdemir, K. C., Alvarez, E. G., Baez-Ortega, A., Beroukhim, R., Boutros, P. C., Bowtell, D. D. L., Brors, B., Burns, K. H., Campbell, P. J., Chan, K., Chen, K., Cortés-Ciriano, I., Dueso-Barroso, A., Dunford, A. J., Edwards, P. A., Estivill, X., Etemadmoghadam, D., Feuerbach, L., Fink, J. L., Frenkel-Morgenstern, M., Garsed, D. W., Gerstein, M., Gordenin, D. A., Haan, D., Haber, J. E., Hess, J. M., Hutter, B., Imielinski, M., Jones, D. T. W., Ju, Y. S., Kazanov, M. D., Klimczak, L. J., Koh, Y., Korbel, J. O., Kumar, K., Lee, E. A., Lee, J. J-K., Li, Y., Lynch, A. G., Macintyre, G., Markowetz, F., Martincorena, I., Martinez-Fundichely, A., Miyano, S., Nakagawa, H., Navarro, F. C. P., Ossowski, S., Park, P. J., Pearson, J. V., Puiggròs, M., Rippe, K., Roberts, N. D., Roberts, S. A., Rodriguez-Martin, B., Schumacher, S. E., Scully, R., Shackleton, M., Sidiropoulos, N., Sieverling, L., Stewart, C., Torrents, D., Tubio, J. M. C., Villasante, I., Waddell, N., Wala, J. A., Weischenfeldt, J., Yang, L., Yao, X., Yoon, S-S., Zamora, J., Zhang, C-Z., Park, P. J., Aaltonen, L. A., Abascal, F., Abeshouse, A., Aburatani, H., Adams, D. J., Agrawal, N., Ahn, K. S., Ahn, S-M., Aikata, H., Akbani, R., Akdemir, K. C., Al-Ahmadie, H., Al-Sedairy, S. T., Al-Shahrour, F., Alawi, M., Albert, M., Aldape, K., Alexandrov, L. B., Ally, A., Alsop, K., Alvarez, E. G., Amary, F., Amin, S. B., Aminou, B., Ammerpohl, O., Anderson, M. J., Ang, Y., Antonello, D., Anur, P., Aparicio, S., Appelbaum, E. L., Arai, Y., Aretz, A., Arihiro, K., Ariizumi, S-I., Armenia, J., Arnould, L., Asa, S., Assenov, Y., Atwal, G., Aukema, S., Auman, J. T., Aure, M. R. R., Awadalla, P., Aymerich, M., Bader, G. D., Baez-Ortega, A., Bailey, M. H., Bailey, P. J., Balasundaram, M., Balu, S., Bandopadhayay, P., Banks, R. E., Barbi, S., Barbour, A. P., Barenboim, J., Barnholtz-Sloan, J., Barr, H., Barrera, E., Bartlett, J., Bartolome, J., Bassi, C., Bathe, O. F., Baumhoer, D., Bavi, P., Baylin, S. B., Bazant, W., Beardsmore, D., Beck, T. A., Behjati, S., Behren, A., Niu, B., Bell, C., Beltran, S., Benz, C., Berchuck, A., Bergmann, A. K., Bergstrom, E. N., Berman, B. P., Berney, D. M., Bernhart, S. H., Beroukhim, R., Berrios, M., Bersani, S., Bertl, J., Betancourt, M., Bhandari, V., Bhosle, S. G., Biankin, A. V., Bieg, M., Bigner, D., Binder, H., Birney, E., Birrer, M., Biswas, N. K., Bjerkehagen, B., Bodenheimer, T., Boice, L., Bonizzato, G., De Bono, J. S., Boot, A., Bootwalla, M. S., Borg, A., Borkhardt, A., Boroevich, K. A., Borozan, I., Borst, C., Bosenberg, M., Bosio, M., Boultwood, J., Bourque, G., Boutros, P. C., Bova, G. S., Bowen, D. T., Bowlby, R., Bowtell, D. D. L., Boyault, S., Boyce, R., Boyd, J., Brazma, A., Brennan, P., Brewer, D. S., Brinkman, A. B., Bristow, R. G., Broaddus, R. R., Brock, J. E., Brock, M., Broeks, A., Brooks, A. N., Brooks, D., Brors, B., Brunak, S., Bruxner, T. J. C., Bruzos, A. L., Buchanan, A., Buchhalter, I., Buchholz, C., Bullman, S., Burke, H., Burkhardt, B., Burns, K. H., Busanovich, J., Bustamante, C. D., Butler, A. P., Butte, A. J., Byrne, N. J., Børresen-Dale, A-L., Caesar-Johnson, S. J., Cafferkey, A., Cahill, D., Calabrese, C., Caldas, C., Calvo, F., Camacho, N., Campbell, P. J., Campo, E., Cantù, C., Cao, S., Carey, T. E., Carlevaro-Fita, J., Carlsen, R., Cataldo, I., Cazzola, M., Cebon, J., Cerfolio, R., Chadwick, D. E., Chakravarty, D., Chalmers, D., Chan, C. W. Y., Chan, K., Chan-Seng-Yue, M., Chandan, V. S., Chang, D. K., Chanock, S. J., Chantrill, L. A., Chateigner, A., Chatterjee, N., Chayama, K., Chen, H-W., Chen, J., Chen, K., Chen, Y., Chen, Z., Cherniack, A. D., Chien, J., Chiew, Y-E., Chin, S-F., Cho, J., Cho, S., Choi, J. K., Choi, W., Chomienne, C., Chong, Z., Choo, S. P., Chou, A., Christ, A. N., Christie, E. L., Chuah, E., Cibulskis, C., Cibulskis, K., Cingarlini, S., Clapham, P., Claviez, A., Cleary, S., Cloonan, N., Cmero, M., Collins, C. C., Connor, A. A., Cooke, S. L., Cooper, C. S., Cope, L., Corbo, V., Cordes, M. G., Cordner, S. M., Cortés-Ciriano, I., Covington, K., Cowin, P. A., Craft, B., Craft, D., Creighton, C. J., Cun, Y., Curley, E., Cutcutache, I., Czajka, K., Czerniak, B., Dagg, R. A., Danilova, L., Davi, M. V., Davidson, N. R., Davies, H., Davis, I. J., Davis-Dusenbery, B. N., Dawson, K. J., De La Vega, F. M., De Paoli-Iseppi, R., Defreitas, T., Tos, A. P. D., Delaneau, O., Demchok, J. A., Demeulemeester, J., Demidov, G. M., Demircioğlu, D., Dennis, N. M., Denroche, R. E., Dentro, S. C., Desai, N., Deshpande, V., Deshwar, A. G., Desmedt, C., Deu-Pons, J., Dhalla, N., Dhani, N. C., Dhingra, P., Dhir, R., DiBiase, A., Diamanti, K., Ding, L., Ding, S., Dinh, H. Q., Dirix, L., Doddapaneni, H., Donmez, N., Dow, M. T., Drapkin, R., Drechsel, O., Drews, R. M., Serge, S., Dudderidge, T., Dueso-Barroso, A., Dunford, A. J., Dunn, M., Dursi, L. J., Duthie, F. R., Dutton-Regester, K., Eagles, J., Easton, D. F., Edmonds, S., Edwards, P. A., Edwards, S. E., Eeles, R. A., Ehinger, A., Eils, J., Eils, R., El-Naggar, A., Eldridge, M., Ellrott, K., Erkek, S., Escaramis, G., Espiritu, S. M. G., Estivill, X., Etemadmoghadam, D., Eyfjord, J. E., Faltas, B. M., Fan, D., Fan, Y., Faquin, W. C., Farcas, C., Fassan, M., Fatima, A., Favero, F., Fayzullaev, N., Felau, I., Fereday, S., Ferguson, M. L., Ferretti, V., Feuerbach, L., Field, M. A., Fink, J. L., Finocchiaro, G., Fisher, C., Fittall, M. W., Fitzgerald, A., Fitzgerald, R. C., Flanagan, A. M., Fleshner, N. E., Flicek, P., Foekens, J. A., Fong, K. M., Fonseca, N. A., Foster, C. S., Fox, N. S., Fraser, M., Frazer, S., Frenkel-Morgenstern, M., Friedman, W., Frigola, J., Fronick, C. C., Fujimoto, A., Fujita, M., Fukayama, M., Fulton, L. A., Fulton, R. S., Furuta, M., Futreal, P. A., Füllgrabe, A., Gabriel, S. B., Gallinger, S., Gambacorti-Passerini, C., Gao, J., Gao, S., Garraway, L., Garred, Ø., Garrison, E., Garsed, D. W., Gehlenborg, N., Gelpi, J. L. L., George, J., Gerhard, D. S., Gerhauser, C., Gershenwald, J. E., Gerstein, M., Gerstung, M., Getz, G., Ghori, M., Ghossein, R., Giama, N. H., Gibbs, R. A., Gibson, B., Gill, A. J., Gill, P., Giri, D. D., Glodzik, D., Gnanapragasam, V. J., Goebler, M. E., Goldman, M. J., Gomez, C., Gonzalez, S., Gonzalez-Perez, A., Gordenin, D. A., Gossage, J., Gotoh, K., Govindan, R., Grabau, D., Graham, J. S., Grant, R. C., Green, A. R., Green, E., Greger, L., Grehan, N., Grimaldi, S., Grimmond, S. M., Grossman, R. L., Grundhoff, A., Gundem, G., Guo, Q., Gupta, M., Gupta, S., Gut, I. G., Gut, M., Göke, J., Ha, G., Haake, A., Haan, D., Haas, S., Haase, K., Haber, J. E., Habermann, N., Hach, F., Haider, S., Hama, N., Hamdy, F. C., Hamilton, A., Hamilton, M. P., Han, L., Hanna, G. B., Hansmann, M., Haradhvala, N. J., Harismendy, O., Harliwong, I., Harmanci, A. O., Harrington, E., Hasegawa, T., Haussler, D., Hawkins, S., Hayami, S., Hayashi, S., Hayes, D. N., Hayes, S. J., Hayward, N. K., Hazell, S., He, Y., Heath, A. P., Heath, S. C., Hedley, D., Hegde, A. M., Heiman, D. I., Heinold, M. C., Heins, Z., Heisler, L. E., Hellstrom-Lindberg, E., Helmy, M., Heo, S. G., Hepperla, A. J., Heredia-Genestar, J. M., Herrmann, C., Hersey, P., Hess, J. M., Hilmarsdottir, H., Hinton, J., Hirano, S., Hiraoka, N., Hoadley, K. A., Hobolth, A., Hodzic, E., Hoell, J. I., Hoffmann, S., Hofmann, O., Holbrook, A., Holik, A. Z., Hollingsworth, M. A., Holmes, O., Holt, R. A., Hong, C., Hong, E. P., Hong, J. H., Hooijer, G. K., Hornshøj, H., Hosoda, F., Hou, Y., Hovestadt, V., Howat, W., Hoyle, A. P., Hruban, R. H., Hu, J., Hu, T., Hua, X., Huang, K-L., Huang, M., Huang, M. N., Huang, V., Huang, Y., Huber, W., Hudson, T. J., Hummel, M., Hung, J. A., Huntsman, D., Hupp, T. R., Huse, J., Huska, M. R., Hutter, B., Hutter, C. M., Hübschmann, D., Iacobuzio-Donahue, C. A., Imbusch, C. D., Imielinski, M., Imoto, S., Isaacs, W. B., Isaev, K., Ishikawa, S., Iskar, M., Islam, S. M. A., Ittmann, M., Ivkovic, S., Izarzugaza, J. M. G., Jacquemier, J., Jakrot, V., Jamieson, N. B., Jang, G. H., Jang, S. J., Jayaseelan, J. C., Jayasinghe, R., Jefferys, S. R., Jegalian, K., Jennings, J. L., Jeon, S-H., Jerman, L., Ji, Y., Jiao, W., Johansson, P. A., Johns, A. L., Johns, J., Johnson, R., Johnson, T. A., Jolly, C., Joly, Y., Jonasson, J. G., Jones, C. D., Jones, D. R., Jones, D. T. W., Jones, N., Jones, S. J. M., Jonkers, J., Ju, Y. S., Juhl, H., Jung, J., Juul, M., Juul, R. I., Juul, S., Jäger, N., Kabbe, R., Kahles, A., Kahraman, A., Kaiser, V. B., Kakavand, H., Kalimuthu, S., von Kalle, C., Kang, K. J., Karaszi, K., Karlan, B., Karlić, R., Karsch, D., Kasaian, K., Kassahn, K. S., Katai, H., Kato, M., Katoh, H., Kawakami, Y., Kay, J. D., Kazakoff, S. H., Kazanov, M. D., Keays, M., Kebebew, E., Kefford, R. F., Kellis, M., Kench, J. G., Kennedy, C. J., Kerssemakers, J. N. A., Khoo, D., Khoo, V., Khuntikeo, N., Khurana, E., Kilpinen, H., Kim, H. K., Kim, H-L., Kim, H-Y., Kim, H., Kim, J., Kim, J., Kim, J. K., Kim, Y., King, T. A., Klapper, W., Kleinheinz, K., Klimczak, L. J., Knappskog, S., Kneba, M., Knoppers, B. M., Koh, Y., Jan Komorowski, Komura, D., Komura, M., Kong, G., Kool, M., Korbel, J. O., Korchina, V., Korshunov, A., Koscher, M., Koster, R., Kote-Jarai, Z., Koures, A., Kovacevic, M., Kremeyer, B., Kretzmer, H., Kreuz, M., Krishnamurthy, S., Kube, D., Kumar, K., Kumar, P., Kumar, S., Kumar, Y., Kundra, R., Kübler, K., Küppers, R., Lagergren, J., Lai, P. H., Laird, P. W., Lakhani, S. R., Lalansingh, C. M., Lalonde, E., Lamaze, F. C., Lambert, A., Lander, E., Landgraf, P., Landoni, L., Langerød, A., Lanzós, A., Larsimont, D., Larsson, E., Lathrop, M., Lau, L. M. S., Lawerenz, C., Lawlor, R. T., Lawrence, M. S., Lazar, A. J., Lazic, A. M., Le, X., Lee, D., Lee, D., Lee, E. A., Lee, H. J., Lee, J. J-K., Lee, J-Y., Lee, J., Lee, M. T. M., Lee-Six, H., Lehmann, K-V., Lehrach, H., Lenze, D., Leonard, C. R., Leongamornlert, D. A., Leshchiner, I., Letourneau, L., Letunic, I., Levine, D. A., Lewis, L., Ley, T., Li, C., Li, C. H., Li, H. I., Li, J., Li, L., Li, S., Li, S., Li, X., Li, X., Li, X., Li, Y., Liang, H., Liang, S-B., Lichter, P., Lin, P., Lin, Z., Linehan, W. M., Lingjærde, O. C., Liu, D., Liu, E. M., Liu, F-F. F., Liu, F., Liu, J., Liu, X., Livingstone, J., Livitz, D., Livni, N., Lochovsky, L., Loeffler, M., Long, G. V., Lopez-Guillermo, A., Lou, S., Louis, D. N., Lovat, L. B., Lu, Y., Lu, Y-J., Lu, Y., Luchini, C., Lungu, I., Luo, X., Luxton, H. J., Lynch, A. G., Lype, L., López, C., López-Otín, C., Ma, E. Z., Ma, Y., MacGrogan, G., MacRae, S., Macintyre, G., Madsen, T., Maejima, K., Mafficini, A., Maglinte, D. T., Maitra, A., Majumder, P. P., Malcovati, L., Malikic, S., Malleo, G., Mann, G. J., Mantovani-Löffler, L., Marchal, K., Marchegiani, G., Mardis, E. R., Margolin, A. A., Marin, M. G., Markowetz, F., Markowski, J., Marks, J., Marques-Bonet, T., Marra, M. A., Marsden, L., Martens, J. W. M., Martin, S., Martin-Subero, J. I., Martincorena, I., Martinez-Fundichely, A., Maruvka, Y. E., Mashl, R. J., Massie, C. E., Matthew, T. J., Matthews, L., Mayer, E., Mayes, S., Mayo, M., Mbabaali, F., McCune, K., McDermott, U., McGillivray, P. D., McLellan, M. D., McPherson, J. D., McPherson, J. R., McPherson, T. A., Meier, S. R., Meng, A., Meng, S., Menzies, A., Merrett, N. D., Merson, S., Meyerson, M., Meyerson, W., Mieczkowski, P. A., Mihaiescu, G. L., Mijalkovic, S., Mikkelsen, T., Milella, M., Mileshkin, L., Miller, C. A., Miller, D. K., Miller, J. K., Mills, G. B., Milovanovic, A., Minner, S., Miotto, M., Arnau, G. M., Mirabello, L., Mitchell, C., Mitchell, T. J., Miyano, S., Miyoshi, N., Mizuno, S., Molnár-Gábor, F., Moore, M. J., Moore, R. A., Morganella, S., Morris, Q. D., Morrison, C., Mose, L. E., Moser, C. D., Muiños, F., Mularoni, L., Mungall, A. J., Mungall, K., Musgrove, E. A., Mustonen, V., Mutch, D., Muyas, F., Muzny, D. M., Muñoz, A., Myers, J., Myklebost, O., Möller, P., Nagae, G., Nagrial, A. M., Nahal-Bose, H. K., Nakagama, H., Nakagawa, H., Nakamura, H., Nakamura, T., Nakano, K., Nandi, T., Nangalia, J., Nastic, M., Navarro, A., Navarro, F. C. P., Neal, D. E., Nettekoven, G., Newell, F., Newhouse, S. J., Newton, Y., Ng, A. W. T., Ng, A., Nicholson, J., Nicol, D., Nie, Y., Nielsen, G. P., Nielsen, M. M., Nik-Zainal, S., Noble, M. S., Nones, K., Northcott, P. A., Notta, F., O’Connor, B. D., O’Donnell, P., O’Donovan, M., O’Meara, S., O’Neill, B. P., O’Neill, J. R., Ocana, D., Ochoa, A., Oesper, L., Ogden, C., Ohdan, H., Ohi, K., Ohno-Machado, L., Oien, K. A., Ojesina, A. I., Ojima, H., Okusaka, T., Omberg, L., Ong, C. K., Ossowski, S., Ott, G., Ouellette, B. F. F., P’ng, C., Paczkowska, M., Paiella, S., Pairojkul, C., Pajic, M., Pan-Hammarström, Q., Papaemmanuil, E., Papatheodorou, I., Paramasivam, N., Park, J. W., Park, J-W., Park, K., Park, K., Park, P. J., Parker, J. S., Parsons, S. L., Pass, H., Pasternack, D., Pastore, A., Patch, A-M., Pauporté, I., Pea, A., Pearson, J. V., Pedamallu, C. S., Pedersen, J. S., Pederzoli, P., Peifer, M., Pennell, N. A., Perou, C. M., Perry, M. D., Petersen, G. M., Peto, M., Petrelli, N., Petryszak, R., Pfister, S. M., Phillips, M., Pich, O., Pickett, H. A., Pihl, T. D., Pillay, N., Pinder, S., Pinese, M., Pinho, A. V., Pitkänen, E., Pivot, X., Piñeiro-Yáñez, E., Planko, L., Plass, C., Polak, P., Pons, T., Popescu, I., Potapova, O., Prasad, A., Preston, S. R., Prinz, M., Pritchard, A. L., Prokopec, S. D., Provenzano, E., Puente, X. S., Puig, S., Puiggròs, M., Pulido-Tamayo, S., Pupo, G. M., Purdie, C. A., Quinn, M. C., Rabionet, R., Rader, J. S., Radlwimmer, B., Radovic, P., Raeder, B., Raine, K. M., Ramakrishna, M., Ramakrishnan, K., Ramalingam, S., Raphael, B. J., Rathmell, W. K., Rausch, T., Reifenberger, G., Reimand, J., Reis-Filho, J., Reuter, V., Reyes-Salazar, I., Reyna, M. A., Reynolds, S. M., Rheinbay, E., Riazalhosseini, Y., Richardson, A. L., Richter, J., Ringel, M., Ringnér, M., Rino, Y., Rippe, K., Roach, J., Roberts, L. R., Roberts, N. D., Roberts, S. A., Robertson, A. G., Robertson, A. J., Rodriguez, J. B., Rodriguez-Martin, B., Rodríguez-González, F. G., Roehrl, M. H. A., Rohde, M., Rokutan, H., Romieu, G., Rooman, I., Roques, T., Rosebrock, D., Rosenberg, M., Rosenstiel, P. C., Rosenwald, A., Rowe, E. W., Royo, R., Rozen, S. G., Rubanova, Y., Rubin, M. A., Rubio-Perez, C., Rudneva, V. A., Rusev, B. C., Ruzzenente, A., Rätsch, G., Sabarinathan, R., Sabelnykova, V. Y., Sadeghi, S., Sahinalp, S. C., Saini, N., Saito-Adachi, M., Saksena, G., Salcedo, A., Salgado, R., Salichos, L., Sallari, R., Saller, C., Salvia, R., Sam, M., Samra, J. S., Sanchez-Vega, F., Sander, C., Sanders, G., Sarin, R., Sarrafi, I., Sasaki-Oku, A., Sauer, T., Sauter, G., Saw, R. P. M., Scardoni, M., Scarlett, C. J., Scarpa, A., Scelo, G., Schadendorf, D., Schein, J. E., Schilhabel, M. B., Schlesner, M., Schlomm, T., Schmidt, H. K., Schramm, S-J., Schreiber, S., Schultz, N., Schumacher, S. E., Schwarz, R. F., Scolyer, R. A., Scott, D., Scully, R., Seethala, R., Segre, A. V., Selander, I., Semple, C. A., Senbabaoglu, Y., Sengupta, S., Sereni, E., Serra, S., Sgroi, D. C., Shackleton, M., Shah, N. C., Shahabi, S., Shang, C. A., Shang, P., Shapira, O., Shelton, T., Shen, C., Shen, H., Shepherd, R., Shi, R., Shi, Y., Shiah, Y-J., Shibata, T., Shih, J., Shimizu, E., Shimizu, K., Shin, S. J., Shiraishi, Y., Shmaya, T., Shmulevich, I., Shorser, S. I., Short, C., Shrestha, R., Shringarpure, S. S., Shriver, C., Shuai, S., Sidiropoulos, N., Siebert, R., Sieuwerts, A. M., Sieverling, L., Signoretti, S., Sikora, K. O., Simbolo, M., Simon, R., Simons, J. V., Simpson, J. T., Simpson, P. T., Singer, S., Sinnott-Armstrong, N., Sipahimalani, P., Skelly, T. J., Smid, M., Smith, J., Smith-McCune, K., Socci, N. D., Sofia, H. J., Soloway, M. G., Song, L., Sood, A. K., Sothi, S., Sotiriou, C., Soulette, C. M., Span, P. N., Spellman, P. T., Sperandio, N., Spillane, A. J., Spiro, O., Spring, J., Staaf, J., Stadler, P. F., Staib, P., Stark, S. G., Stebbings, L., Stefánsson, Ó. A., Stegle, O., Stein, L. D., Stenhouse, A., Stewart, C., Stilgenbauer, S., Stobbe, M. D., Stratton, M. R., Stretch, J. R., Struck, A. J., Stuart, J. M., Stunnenberg, H. G., Su, H., Su, X., Sun, R. X., Sungalee, S., Susak, H., Suzuki, A., Sweep, F., Szczepanowski, M., Sültmann, H., Yugawa, T., Tam, A., Tamborero, D., Tan, B. K. T., Tan, D., Tan, P., Tanaka, H., Taniguchi, H., Tanskanen, T. J., Tarabichi, M., Tarnuzzer, R., Tarpey, P., Taschuk, M. L., Tatsuno, K., Tavaré, S., Taylor, D. F., Taylor-Weiner, A., Teague, J. W., Teh, B. T., Tembe, V., Temes, J., Thai, K., Thayer, S. P., Thiessen, N., Thomas, G., Thomas, S., Thompson, A., Thompson, A. M., Thompson, J. F. F., Thompson, R. H., Thorne, H., Thorne, L. B., Thorogood, A., Tiao, G., Tijanic, N., Timms, L. E., Tirabosco, R., Tojo, M., Tommasi, S., Toon, C. W., Toprak, U. H., Torrents, D., Tortora, G., Tost, J., Totoki, Y., Townend, D., Traficante, N., Treilleux, I., Trotta, J-R., Trümper, L. H. P., Tsao, M., Tsunoda, T., Tubio, J. M. C., Tucker, O., Turkington, R., Turner, D. J., Tutt, A., Ueno, M., Ueno, N. T., Umbricht, C., Umer, H. M., Underwood, T. J., Urban, L., Urushidate, T., Ushiku, T., Uusküla-Reimand, L., Valencia, A., Van Den Berg, D. J., Van Laere, S., Van Loo, P., Van Meir, E. G., Van den Eynden, G. G., Van der Kwast, T., Vasudev, N., Vazquez, M., Vedururu, R., Veluvolu, U., Vembu, S., Verbeke, L. P. C., Vermeulen, P., Verrill, C., Viari, A., Vicente, D., Vicentini, C., VijayRaghavan, K., Viksna, J., Vilain, R. E., Villasante, I., Vincent-Salomon, A., Visakorpi, T., Voet, D., Vyas, P., Vázquez-García, I., Waddell, N. M., Waddell, N., Wadelius, C., Wadi, L., Wagener, R., Wala, J. A., Wang, J., Wang, J., Wang, L., Wang, Q., Wang, W., Wang, Y., Wang, Z., Waring, P. M., Warnatz, H-J., Warrell, J., Warren, A. Y., Waszak, S. M., Wedge, D. C., Weichenhan, D., Weinberger, P., Weinstein, J. N., Weischenfeldt, J., Weisenberger, D. J., Welch, I., Wendl, M. C., Werner, J., Whalley, J. P., Wheeler, D. A., Whitaker, H. C., Wigle, D., Wilkerson, M. D., Williams, A., Wilmott, J. S., Wilson, G. W., Wilson, J. M., Wilson, R. K., Winterhoff, B., Wintersinger, J. A., Wiznerowicz, M., Wolf, S., Wong, B. H., Wong, T., Wong, W., Woo, Y., Wood, S., Wouters, B. G., Wright, A. J., Wright, D. W., Wright, M. H., Wu, C-L., Wu, D-Y., Wu, G., Wu, J., Wu, K., Wu, Y., Wu, Z., Xi, L., Xia, T., Xiang, Q., Xiao, X., Xing, R., Xiong, H., Xu, Q., Xu, Y., Xue, H., Yachida, S., Yakneen, S., Yamaguchi, R., Yamaguchi, T. N., Yamamoto, M., Yamamoto, S., Yamaue, H., Yang, F., Yang, H., Yang, J. Y., Yang, L., Yang, L., Yang, S., Yang, T-P., Yang, Y., Yao, X., Yaspo, M-L., Yates, L., Yau, C., Ye, C., Ye, K., Yellapantula, V. D., Yoon, C. J., Yoon, S-S., Yousif, F., Yu, J., Yu, K., Yu, W., Yu, Y., Yuan, K., Yuan, Y., Yuen, D., Yung, C. K., Zaikova, O., Zamora, J., Zapatka, M., Zenklusen, J. C., Zenz, T., Zeps, N., Zhang, C-Z., Zhang, F., Zhang, H., Zhang, H., Zhang, H., Zhang, J., Zhang, J., Zhang, J., Zhang, X., Zhang, X., Zhang, Y., Zhang, Z., Zhao, Z., Zheng, L., Zheng, X., Zhou, W., Zhou, Y., Zhu, B., Zhu, H., Zhu, J., Zhu, S., Zou, L., Zou, X., deFazio, A., van As, N., van Deurzen, C. H. M., van de Vijver, M. J., van’t Veer, L. & von Mering, C. (2020). Comprehensive analysis of chromothripsis in 2,658 human cancers using whole-genome sequencing. Nature Genetics, 52(3), pp. 331-341. doi: 10.1038/s41588-019-0576-7
Abstract
Chromothripsis is a mutational phenomenon characterized by massive, clustered genomic rearrangements that occurs in cancer and other diseases. Recent studies in selected cancer types have suggested that chromothripsis may be more common than initially inferred from low-resolution copy-number data. Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA), we analyze patterns of chromothripsis across 2,658 tumors from 38 cancer types using whole-genome sequencing data. We find that chromothripsis events are pervasive across cancers, with a frequency of more than 50% in several cancer types. Whereas canonical chromothripsis profiles display oscillations between two copy-number states, a considerable fraction of events involve multiple chromosomes and additional structural alterations. In addition to non-homologous end joining, we detect signatures of replication-associated processes and templated insertions. Chromothripsis contributes to oncogene amplification and to inactivation of genes such as mismatch-repair-related genes. These findings show that chromothripsis is a major process that drives genome evolution in human cancer.
| Publication Type: | Article |
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| Publisher Keywords: | Cancer, Computational biology and bioinformatics, Genomics |
| Subjects: | R Medicine > RC Internal medicine > RC0254 Neoplasms. Tumors. Oncology (including Cancer) |
| Departments: | The City Law School The City Law School > Academic Programmes |
| SWORD Depositor: |
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